Après une formation à l'Ecole régionale d’acteur de Cannes - ERAC (1998-2001) et des stages d’improvisation, clown, masque avec Hélène Cinque au Théâtre du Soleil (Paris, 2003-2007), Boutros El Amari a interprété au théâtre de nombreuses pièces telles que Impressions d’un songe d’après La vie est un songe de Pedro Calderón de la Barca, mise en scène Alexandre Zloto (Théâtre du Soleil, Cartoucherie de Vincennes, Paris, 2015), Boutros ou la folle journée pour laquelle il en est également l'auteur (théâtre des Déchargeurs, Festival d’Avignon Off, 2011), Le gigot qui pleure à partir des textes de Daniil Harms, mise en scène Hélène Cinque (Théâtre de l’épée de bois, Cartoucherie de Vincennes, Paris, 2007), Ivanov de Anton Tcheckov, mise en scène Nicolas Gonzales (Théâtre du Gymnase, Marseille, 2005), Le mandat de Nikolai Erdamn, mise en scène Bernard Sobel (Théâtre de Gennevilliers, 2001), Quatre à quatre d’après les textes de Antonio Lobo Antunes, Sarah Kane, Rodrigo Garcia, mise en scène Georges Lavaudant (Théâtre de l’Odéon, Paris, 2001).
Parallèlement, Boutros El Amari a mis en scène L’amour médecin de Molière en trois adaptations différentes : version clown au Théâtre du Soleil, Cartoucherie de Vincennes (2006), version comédie-ballet à la Salle Poirel de Nancy (2010) et en version théâtral au Centre culturel du PréO, Oberhausbergen, France (2011), Ubu Roi de Alfred Jarry (Centre culturel du PréO, Oberhausbergen, France, 2013) et Peer Gynt d’Henrick Ibsen (Centre Culturel du PréO, Oberhausbergen, France, 2015).